公司下设共25个基层部门和单位，分别是：

办公室、企业管理部、人力资源部、财务部、党群工作部、生产安全部、采石水厂、慈湖水厂、新市水厂、水质检测站、二次供水管理所、材料供应部、总工办、供水管理部、供水稽查部、城北营业所、城南营业所、向山供水所、水表检定站、工程管理部、润达工程公司、设计室、管线管理所、投资拓展部、当涂县首创水务有限公司。